许多公司在提到MES系统软件进行二次开发这个问题的时候，老是充满了无可奈何，因为进行二次开发代表着公司要投入更多的物力资源与资金用以系统软件的开发设计与维护保养，可是从一定水平而言，MES系统软件进行二次开发对公司智造更新转型有着关键意义。
在MES系统实施流程中，因为各公司状况不一样，必定会存有某些不能满足公司需求的状况，这就要开展对MES系统软件的进行二次开发。MES要再次根据顾客化、功能增强、基本功能修改、本地化和接口去达到顾客特定需求。固化而不僵化，唯有将系统软件的界定放置灵活的需求制导引擎中，不但开发阶段如此，维护阶段也是如此。用得好的，就保留、加强，用得不太好的，就除去、改善。
开展MES系统软件进行二次开发的必要性
从生产商的视角看来，因为MES系统功能越来越大，MES系统软件基本功能要连续不断更新提升，如果客户有新的需求，生产商要重新去界定开发设计，牵一发而动全身。因而生产商为了更好地融入客户需求，要将MES系统软件各个控制模块分离界定，把某些关键的、稳定的基本功能沉淀在MES平台上，而把灵巧的基本功能如果顾客有新的控制模块需求，生产商只需将该控制模块填加即可，客户还可以自主挑选合适的基本功能。
从客户视角而言，伴随着公司的发展壮大，用户需求愈来愈多，交付需求越来越快，而目前的基本功能远远不能够达到目前的生产需求，随即进行二次开发难以避免。
开展MES系统软件进行二次开发的风险
1.提升系统升级难度系数
MES供应商会分阶段的对系统新基本功能开展改善与扩充，连续不断推出新版本。系统软件的更新只专门针对标准版，并不会充分考虑个性化和进行二次开发的部分，因此进行二次开发工作绝大多数要重新修改或是开发设计。
2、大幅度降低系统软件可靠性
成熟MES软件有着较高的可靠性。而进行二次开发只对单一客户，某部分的更改通常因为达到特殊需求而并没有考虑到对全局的干扰祸及所有系统软件的可靠性，而且进行二次开发的测试和试运转时间比较有限，系统软件复杂度及其耦合度扩大，大幅度降低系统软件的可靠性。
3、偏离公司实施MES系统软件的初心
进行二次开发需求通常会使MES系统软件合理的逻辑屈从公司原有的、习惯性的方式方法，也会因提升不一样部门员工运用系统软件的效率，而干扰流程的可靠性。公司没法效仿系统优化流程，学习先进管理机制。
4.提升MES项目的成本费
进行二次开发只专门针对唯一客户，因此这种程序开发的所有成本费由其担负，即运用公司自行进行二次开发，也需要投入人力、物力资源，必定会提升MES项目的成本费。
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